第一次,1917年,组织中华民国军政府。军政府由国会非常会议产生,其改制或改组,均须由国会决定。军政府实行元帅制,设大元帅一人,元帅三人,军政府设置外交、内政、财政、陆军、海军、交通六部,各部设总长一人,由国会非常会议选出,咨请大元帅特任。

第二次,1921年,组织中华民国总统府。孙中山以228票对2票当选大总统,因系由非常国会选出,故习惯称非常大总统。5月4日,孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、刘显世等联合通电,军政府于是日取消,所有军政府政务总裁职务即应解除。5月5日,孙中山宣誓就任中华民国非常大总统,宣布组织正式政府,改元帅府为总统府。

第三次,1923年,组织中华民国大元帅府。孙中山正式成立陆海军大元帅大本营,简称大元帅府,孙中山自任大元帅,以大元帅的名义统帅各军。大元帅非经国会产生,亦不向国会或其他民意机关负责。大元帅得处理一切重要政务,指挥、调度各军,任命重要文武官员,决定政府机关的设置或裁并,公布条例、发布命令等。

恶劣影响:孙中山成立军政府之前,民国依然能保存表面上的统一。孙中山另立政府、建新法统的做法,以及护法其间,孙中山多次反对和谈,坚持北伐,对中华民国的统一局面造成了破坏。此例一开,之后的数十年间,中国境内出现过各式各样,自称为真正“革命”、“合法”、寿命长短不一的政府,不下一、二十个。