上世纪三十年代初,陈独秀在上海被捕,一时间,“陈案”震动全国。一些极右分子呼吁国民党中央“立即处决”,他被押赴南京,如同押赴刑场,可是,他在沪宁车上,还呼呼酣睡,一时传为佳话。还有一些人感念他对新文化运动的贡献,或钦敬他在学术上的成就,或尊重他的人格,纷纷进行营救工作。这是完全抛开党派之见的了。如蔡元培、柳亚子、翁文灏、林语堂、胡适、蒋梦麟、杨杏佛……以不同的形式争取公开审理,反对暗箱操作,军法从事。宋庆龄还专程从上海到南京,对蒋介石施加压力。


在开庭时,陈发表了义薄云天、气壮山河的演说,他丝毫没有争取从宽处理的打算,而是抓紧机会进行一次政治斗争。他为自己要解放工农、要推翻政府的正义性作辩解。章士钊大律师义务为之辩护,多少有争取从轻的语言。陈立即说:“这话不代表我。”他以刚烈的性格,演出了法庭史上罕见的一幕。


陈被判刑13年。后减为8年。在押期间,出版了《独秀文存》。陈在狱中最大的快乐是读书,朋友送来一批小说,他没有兴趣,而是认真研读马恩、托洛茨基和经济学、历史、文字学等书籍。


抗日战争爆发后,日机经常轰炸南京,陈独秀那间牢房的房顶被炸塌了,他躲在桌下,幸免于难。后来日寇兵临城下,蒋介石想放陈出去,要求其写一书面检查。陈坚决拒绝。蒋很尴尬。胡适出使美国,临行时致函蒋氏,吁请释放陈独秀。这给蒋一个台阶,送胡一个人情,还不仅如此——— 陈出狱,陈果夫、陈立夫立即宴请。他们传达蒋介石的意见:聘请陈出任劳动部部长之职。陈独秀即席发言:“……他叫我当部长是假,叫我点缀门面是真。他杀了我们多少同志,包括我的两个儿子,把我关了许多年……这不是异想天开吗!但是,今天国共合作抗日,在抗日的工作上,我可以和蒋先生合作。”胡适邀请陈独秀赴美,进行著书立说。他认为此时前去是不光彩的,对胡的从政也很不快。


南京沦陷前,陈独秀来到武汉,董必武前来拜访,并对他说:“鄙人受中共中央之托,专程而来,欢迎你回党工作。”要求他写个书面检讨。陈说:“回党工作是我所愿,惟书面检讨,碍难从命。”又说:“时至今日,谁有过,谁无过,在未定之数,有什么好写呢!”


当时,他演说、撰文,大声疾呼团结抗日,强调“国家利益高于党派利益!”康生忽在《团结》周刊上,说陈是日本特务。武汉大学校长王星拱等九位知名人士在三家报上撰文,为他辩诬。沈钧儒先生在《大公报》上发表文章,为陈不平。一些居心不良之徒起哄,破坏团结抗日的局面。周恩来多次托人请陈独秀以大局为重,进行克制。徐特立老还从长沙来武汉“调解”。徐宣称:“问题解决了。但陈说:“我看永无解决之一日。”


陈独秀树大招风,各色人等不断来访,还有国民党特务监视,深感武汉是是非之地。加以日机不断轰炸,他们在友人的帮助下,西去重庆。又上溯90公里到达江津县。后来,陈独秀又离开江津县城这个大量难民涌入的嘈杂之地,到了山村鹤山坪,这是一个四周高山林立,人迹罕到的地方。


没有想到,陈独秀到了哪里,哪里就成了国人注目的去处。许多北大校友来看望老师,一些人要资助生活费用,如罗家伦、朱家骅等等,陈独秀对所有在国民党政府任职者,分文不收,尽管他们说这是学生对恩师的心意。陈说:“你们的心意我理解,但我收了之后,话就说不清楚了。”


周恩来也曾前来拜访。他说:“你这儿太苦了,还是到延安去吧。”陈说:“回党工作是我所愿。但是,我不会被别人牵着鼻子走的,何必以后再搞得不欢而散呢。”


陈独秀做事认真,所以晚景凄苦,常常无米下锅。看到一些农家贫困,更为不安,总是说:“建设共产党,就是为了他们,可是现在……”


由于贫病交加,陈独秀亡故于1942年5月27日,享年63岁。