1、 由于“北斗”卫星导航定位系统是双星系统，因此，卫星只能提供一个二维空间的定位，所以还需要利用地面控制中心的数值地图资料厍或用户自备的测高仪才能求得用户的高度，并进一步确定用户的三维坐标。若控制中心的数值地图数据库数据不够准确，尤其是要拿到非本国的地理精确数据并不容易，定位出的位置数据就会有问题。

2、 “北斗”卫星导航定位系统用户的定位申请要送回地面控制中心，经由中心控制系统解算出用户的三维位置资料之后再发回用户。无线电信号从地面发出，经卫星返回地面的上下行时间约为0.24—0.28秒，从用户接收器应答测距信号到接收定位结果，信号经过两次上下行链路的传送，时间约需0.56秒，加上中心控制系统的计算时间，整个定位时间约需1秒钟，即用户接收器约可在1秒钟完成定位。这1秒的定位时间对飞机、导弹这种高速运动的用户嫌时间长，会加大定位的误差，因此， “北斗”系统目前只能为车辆、船舶等慢速运动的用户提供服务。

3、 由于“北斗”卫星导航定位系统的客户端需请求定位服务时，必须发出应答信号，即“有源应答”，如果使用者是军方单位就会使自身失人隐蔽性，且这个定位服务要求的信号也可被敌方定位。

4、 “北斗”卫星导航定位系统使用的卫星是同步轨道卫星，这意味着落地信号功率很小，因此，用户机需要有较大天线(直径达20厘米)才能接收信号，而且因“有源应答”运作方式，所以，用户机还要包含发射机，因此在体积(普通型用户机长20厘米、宽17.5厘米、高5.2厘米)、重量、耗电量，甚至价格都远比GPS接收机来得大、重、耗电与贵，而且这么大且重的用户机，不要说是装在导弹上，就是单兵使用都是一大负担。

5、 同步卫星相对于终端来说，下行波束的角度很窄，也就是说，运动的地面终端必须不断调整天线的指向，在车船上，需要一整套的稳定装置，而对于高速运动的设备，这是几乎做不到的。

6、 “北斗”系统在同一时间内服务用户的数量受用户可使用的通信频率数量、询问信号速率和用户的响应速率等条件的限制，所以“北斗”卫星导航定位系统的用户设备容量是有限的，每秒钟只能容纳150个用户。虽然每个客户端都有专用识别码，不过一旦被破解，很容易使整个系统被敌人或有心人士以伪冒信号加以饱和，使系统瘫痪或者是传送假信息，迷惑友军。

7、 由于“北斗”卫星导航定位系统中地面控制中心扮演着系统关键角色，如：承转卫星信息、解算用户位置等，因此，一旦地而控制中心被毁，整个系统就不能运作了，这也是“北斗”系统的致命伤。

这7项主要的硬伤均是由于“北斗”系统的基本工作原理所决定了，（双星定位、有源应答和同步轨道）而这些基本工作原理却是很难改变的，除非从头再来，只有4、5、6这三项相对在原有的体系上是无法根除的，因此“北斗”系统在军事上的运用是十分有限的。