据台湾《中国时报》的消息,台湾军方首度就两岸可能直航的话题进行明确的表态,台湾军方认为,两岸如果直航将会严重的压缩台湾空军的作战演训的空域,台湾空军还担心,大陆假借直航来攻击台军的指挥中枢,或者模仿“9·11”事件,用民航机来冲击台湾的核心的设施,台湾军方声称万一两岸直航线将会截弯取直,台湾军方就会以军事安全作为理由,向领导人提出反建议,因为两岸直航除了要开放台湾空军的松山军用机场以外,台湾军方还要重新调整地面和防空的部队,军方担心大陆假借直航松山机场的机会,与木马屠城的方式,搭载解放军的特种部队或者突击部队,攻击台湾的指挥中枢。


台湾有立法委员认为,军方的想法特别可笑,因为大陆要攻击上述的目标,直接用导弹攻击就行了,无须用这种直航偷偷运兵的做法,而香港有军事评论认为,从单纯的军事观点来看,台湾的军队是以弱敌强,如果战备的程度较高,而两岸实现直航,民航往返频密,直航确实会影响到台湾的战备,特别是防空方面的战备。